Gereja Kristen Indonesia Jl. R.E. Martadinata berada di Ciputat, Tangerang Selatan. Awal mula berdirinya GKI R.E. Martadinata-Ciputat adalah karena faktor kebutuhan, dimana banyak dari anggota jemaat GKI Jl. Wahid Hasyim Jakarta yang berdomisili di wilayah Ciputat dan sekitarnya.

Kerinduan tersebut mendapat tanggapan yang serius di kalangan aktifis Komisi Pria GKI Jl. Wahid Hasyim Jakarta. Hasil lokakarya yang mereka selenggarakan 18-19 Februari 1989, di Wisma Astrindo Tugu – Cipanas, dipimpin oleh Pdt. Ben Maleachi,  menghasilkan kesepakatan untuk membentuk tim kerja pembentukan Pos Kebaktian, Pelayanan dan Kesaksian dengan Pdt. Ben Maleachi sebagai Penasihatnya. Akhirnya pada Kebaktian Minggu pada tanggal 9 Juli 1989 Pos ini diresmikan dan diasuh oleh dua Jemaat yaitu GKI Jl. Wahid Hasyim dan GKI Jl. Halimun. Baru setelah tahun 1990 pelayanan tersebut diserahkan sepenuhnya kepada GKI Jl. Wahid Hasyim. Di tahun 1991, ketika jumlah jemaat yang hadir semakin meningkat, dibentuklah panitia pencari tempat dan akhirnya mendapatkan tempat di Jl. R.E. Martadinata Km 26/3 Ciputat, tempat dimana sekarang ini GKI Ciputat melaksanakan seluruh kegiatan gerejawinya.

Hari Minggu tanggal 27 Oktober 1996 dilakukan peresmian Bakal Jemaat Gereja Kristen Indonesia Ciputat oleh Badan Pekerja Majelis Klasis Jakarta Selatan. Setahun kemudian, pada tanggal 27 Oktober 1997 Gereja Kristen Indonesia Jl. R.E. Martadinata Km 26/3 Ciputat diresmikan sebagai jemaat dewasa, masuk dalam ruang lingkup GKI Klasis Jakarta Selatan.

Pada Tahun 2021 Pdt. Dina Kharismaningtyas Budiasri ditahbiskan sebagai pendeta dengan basis pelayanan di GKI R.E. Martadinata. Tahun 2023 Gedung gereja mulai dibongkar karena terdampak program pelebaran ruas jalan tol cinere-serpong
dari pemerintah. Maka mulai tahun 2024 Jemaat beribadah di tempat ibadah sementara atau Ruko. Pada Bulan Mei 2024 dilakukan peletakan batu pertama Gedung GKI R.E. Martadinata yang menandakan dimulainya pembangunan Gedung yang baru. Satu tahun berjalan proses pembangunan. Pada Juli 2025 Jemaat GKI R.E. Martadinata kembali beribadah di Gedung Gereja yang berlokasi di Jalan R.E. Martadinata KM 26/3, Ciputat.

Dalam SG-GKI hari Jumat 19 Desember 2025 Pdt. Dina Kharismaningtyas Budiasri dari GKI R.E. Martadinata akan menyapa kita. (Pengantar dari catatan Pdt. Dina, disunting oleh Ronny N., video diedit dan diunggah oleh Sdr. Sigit dari kantor Sinode GKI)